Explicación
La nomenclatura de CEPER es diferente respecto a la de los centros de educación obligatoria. Por ejemplo: no existe un Consejo Escolar, sino un Consejo de Centro, con competencias semejantes; no existe Plan de Centro, ni Proyecto Educativo, ni Proyecto de Gestión aunque sí un Reglamento de Organización y Funcionamiento, un Proyecto de Educación Permanente, Planes Anuales de Centro y Memorias Finales de Curso.
Toda esta documentación parte del equipo directivo para que sea luego estudiada por todos los sectores a los que competa y finalmente tiene que ser aprobada por el Consejo de Centro. Habitualmente los Centros de Educación Permanente (CEPER) tienen un grupo de Secciones de Educación Permanente (SEP) dependientes. A cada SEP de más de un docente le corresponde una Jefatura de Estudios Delegada que debe familiarizarse con toda esta documentación.
La Jefatura de Estudios Delegada asume a su vez las funciones de la Secretaría de la Sección, y las tareas relacionadas con la aplicación Séneca. La mayoría de los CEPER no dispone de Secretaría de Centro y de tenerla, solo le correspondería ejercerla en la sede del CEPER y no en las SEP. Esto multiplica la dificultad de la gestión económica al no haber una, sino tantas gestiones económicas como SEP tenga el centro más la de la sede del CEPER, que además suele tener que asumirla la Dirección.
Por otra parte, el programa de gestión de centros dependientes de la Junta de Andalucía Séneca no está adaptado completamente a las necesidades de los CEPER. Cosas tan simples como inscribir los miembros del Consejo de Centro son una tarea no resuelta. Pero lo más importante es que, para su correcto uso, el usuario debe tener un amplio conocimiento de la normativa por la falta de adaptación del programa a la Educación Permanente.