Была в этом монументе одна курьёзная особенность, подмеченная в своё время фольклором и сразу же ставшая известной всему Петербургу. Если внимательно смотреть на памятник, медленно обходя его вокруг, то в какой-то момент начинаешь обнаруживать сходство щеголеватого морского офицера с античным сатиром во время разнузданных сатурналий. Это ощущение эротичности возникало в связи с торчащей рукоятью офицерского кортика, прикреплённого под определённым углом к бедру адмирала. Бытует легенда будто бы этот образ скульптор создал в отместку за то, что Крузенштерн наставил ему рога. На самом деле скульптору Шредеру было всего 11 лет, когда великий мореплаватель ушёл из жизни. 

Легенда оказалась настолько живучей, что городские власти через 100 лет после установки памятника не удержались и в рамках развёрнутой в то время борьбы с сексом, изменили положение злосчастного кортика. Теперь он расположен вдоль бедра морехода, не вызывая никаких дурных ассоциаций.

Блюстители нравственности попытались этим высокоморальным актом убить и второго зайца. Прервалась давняя традиция – в ночь перед выпуском будущие офицеры перестали до блеска начищать пастой ГОИ личное оружие адмирала. Во многом это утратило смысл. 

Через несколько дней девушка пришла к училищу и робко спросила у дежурного, нельзя ли вызвать на проходную её Ваню. Часовые переглянулись и, едва сдерживая смех, показали на набережную: «Там твой Ваня». Девушка доверчиво перебежала трамвайные пути, долго озиралась по сторонам, несколько раз обошла памятник, пока повлажневшие глаза её не остановились на бронзовой доске с надписью: «Первому русскому плавателю вокруг света Ивану Фёдоровичу Крузенштерну». С тех пор такой розыгрыш стал любимым развлечением молодых курсантов. Впрочем, и в этой шутке была определённая доля правды. Среди курсантов училища памятник Крузенштерну называют по-домашнему: «Ваня».

Судьба адмиральского кортика оказалась непростой. В 1970-х он исчез при невыясненных обстоятельствах и был заменён чугунным аналогом, который не являлся точной копией. Однако в конце 1990-х кортик неожиданно обнаружили сотрудники Петроградского РУВД. Сотрудники милиции в профилактических целях зашли в один из пунктов приёма лома металлов в тот момент, когда некий гражданин сдавал свой «улов». Мужчина заявил, что кортик находился в квартире его матери не менее 20 лет. Только после её смерти сын извлёк кортик на свет божий по причине того, что «возникла необходимость с приятелями закончить праздновать его же день рождения». 

Оружие вернули «хозяину», но в 2015 г. в день ВДВ кортик вновь пропал — теперь уже окончательно. Музейные специалисты рассказали, что кортик был фактически отодран от бронзовой фигуры. В апреле 2017 г. депутат Государственной думы Сергей Вострецов присоединился к обращению жителей Васильевского острова, просящих губернатора Георгия Полтавченко изготовить дубликат кортика и вернуть исторический вид памятнику.