После вступления в ЕС Литва имеет единое воздушное пространство со странами ЕС, что позволило ввести единую систему управления полетами и обеспечить свободное сообщение между Литвой и странами Евросоюза. Нормативно-правовая база гражданской авиации Литвы (инструкции и правила) приведена в соответствие с требованиями Евросоюза и нормативами Международной организации гражданской авиации (ИКАО), членом которой Литва является с 1991г.

Перевозки грузов авиатранспортом между Россией и Литвой регламентируются соглашением между правительствами Литвы и России о воздушном сообщении от 1993г., которое продолжает действовать после вступления Литвы в Евросоюз.

С принятием в стране нормативов ЕС по уровню шума и безопасности с мая 2004г. был введен запрет для полетов самолетов российского производства в аэропорты Вильнюса и Паланги. Аэропорт Каунаса временно продолжает принимать российские самолеты, выполняющие грузовые чартерные рейсы.

 По данным Администрации гражданской авиации (АГА) Литвы в стране в 2008г. зарегистрировано 695 летательных аппаратов, в т.ч.: транспортного коммерческого назначения (в авиакомпаниях) 40 ед.; различные самолеты – 265 ед.; вертолеты – 18 ед.; планеры – 167 ед.; воздушные шары – 98 ед.; сверхлегкие летательные аппараты – 66 ед.; экспериментальные летательные аппараты – 41 ед.

Лицензии пилотов имеют 1 тыс.чел., постоянно летает только половина из них. В 2008г. через литовские аэропорты перевезено 10,9 тыс.т. грузов и почты, что на 20,7% меньше, чем в 2007г. – 8,6 тыс.т. В литовских аэропортах было обслужено 2,55 млн. пассажиров, что на 16,2% больше, чем в 2007г. Литовские и иностранные компании совершили 45,8 тыс. рейсов, что на 9,6% больше, чем в 2007г.