1489-1491
1489 03 13
Djim o Hixem, hermano del sultán Bayaceto entra en Roma como refugiado o rehén. Rodrigo Borja asiste a la recepción.
1489 05 18
Una bula autoriza a César Borja, que estudia en Perugia, a disfrutar de las rentas que le correspondan, aún estando ausente de las localidades donde pertenecieran. Parece que esto es simplemente el equivalente a una beca actual.
1489 05 20
Julia Farnesio se casa con Orso Orsini, hijo de Adriana de Mila y pupilo de Rodrigo Borja, en el palacio de Rodrigo (la cancillería) hoy palacio Sforza-Cesarini. Los casa Rodrigo Borja. Lucrecia va al convento de San Sixto en Vía Apia para perfeccionar su educación. Rodrigo frecuenta la casa de su prima .
1489 07 20
Desde el cerco de Baza el rey Fernando escribe al cardenal Rodrigo Borja negándole la conveniencia de dar la iglesia de Mallorca a César dada su escasa edad.
1489 09 16
Inocencio VIII concede a Jofré Borja el arcedianato de la catedral de Valencia, previa dispensa de edad. Se deduce que tiene 8 años.
1489 10 09
El obispado de Mallorca se concede a Rodrigo Borja, hasta su elección como Papa.
1489 10 30
Jofré Borja toma posesión de varias prebendas de la catedral de Valencia.
1490 01 04
Rodrigo Borja bautiza a la hija de Francisco Cibo, hijo del Papa Inocencio VIII.
Inocencio VIII concede a la reina Isabel de Castilla la Rosa de Oro. Rodrigo Borja hace celebrar la ceremonia en la capilla mayor del Palacio Apostólico.
1491
César pasa de la universidad de Perugia a Pisa. Asiste a cursos de teología de Filippo Decio. Conoce al joven cardenal Juan de Médicis. Convive con su primo Juan de Borja- Llançol y con Francisco Remolins
1491 02
César aparece en un documento como protonotario apostólico. Jofré como canónigo y archidiácono de Valencia.
1491 02 26
Se redacta en Roma contrato matrimonial de Lucrecia con Querubín Juan Centelles. El contrato fue roto dos meses más tarde.
1491 04 30
Lucrecia es prometida en matrimonio a Gaspar de Proixita o Prócida.
1491 05 13
César Borja es nombrado canónigo de la seu de Barcelona.
1491 08 23
Se inicia la reconstrucción de la Iglesia de Santa Mª in Via Lata, con una aportación de Rodrigo Borja de 300 ducados. El cardenal ha logrado otras aportaciones del Papa. En la fachada aún existe un escudo del cardenal.
1491 09 12
Estando estudiando en Pisa, César recibe de Inocencio VIII el obispado de Pamplona. Este día el Papa lo comunica a Rodrigo y otros cardenales
Tanto la Justicia de Guglielmo della Porta en el sepulcro de Paulo III, como la Virgen del Pinturichio tienen rasgos parecidos. El modelo pudo ser en ambos casos el mismo: Julia Farnesio. Julia estaba casada con Orso Orsini, un hombre tuerto y poco agraciado, hijo de una sobrina de Rodrigo Borja, Adriana de Mila Borja. Julia ¿fue amante del cardenal Rodrigo Borja y lo siguió siendo cuando éste fue elegido Papa?. Incluso para algunos autores la hija de Julia, Laura, fue hija de Rodrigo. El prelado florentino Lorenzo Puzzi comentó en Santa María in Porticu visitando a Adriana, Julia y Lucrecia, el parecido de la niña con el Pontífice.
Un hermano de Julia fue nombrado cardenal muy joven por Alejandro VI. Después llegaría a papa con el nombre de Paulo III siendo el pontífice que convocó el Concilio de Trento. Agradecido permanentemente a la familia Borja, siempre mantuvo un cardenal de esta estirpe durante su pontificado.
César Borja (?) en la Galería Carrara (Bérgamo) (Atribuido a Giorgione y a Altobello Mellone)
"Retrato de un caballero"
En 1491 César Borja fue nombrado por Inocencio VIII obispo de Pamplona, pero nunca pudo recibir la investidura del mismo ya que los vascos no toleraban obispos que no fueran nativos. Parece que esta costumbre no ha desaparecido entre todos los vascos hoy en día.