A Associação de Estudantes do Externato de Penafirme é o órgão representativo dos alunos do Externato de Penafirme. Esta organização tem por missão representar os alunos do Externato e defender os seus direitos, promovendo a ligação da escola e dos seus associados à realidade socioeconómica e cultural da região e do país. Está também no seu perímetro de atuação o desenvolvimento de atividades de âmbito cultural, desportivo e recreativo e colaborar nas atividades promovidas pelo Externato no âmbito do seu plano de atividades. Paralelamente, a Associação de Estudantes, procura contribuir para a participação dos seus membros na discussão e solução dos problemas educativos do Externato.